502 基因（eQTL）孟德尔随机化分析课程

孟德尔随机化的暴露有很多选择，可以选择疾病、行为、元素、细胞、代谢物…作为暴露，当然也可以选择基因作为暴露，这样就可以和你们之前的生信分析、基础实验联系起来：例如你通过一系列生信分析筛选出一个重要的基因或者基础实验得到一个重要的基因，就考虑可以用孟德尔随机化分析来验证之前的结果，让自己的结果更加可信。

例如你通过生信分析或者实验得出如下结论：某某基因的表达量增加会增加某疾病发生的风险，也就是说基因是危险因素，为了让自己的结果更加有说服力，得到多一重的验证，这个时候就可以考虑进行基因（eQTL）孟德尔随机化分析了。具体思路如下：

1、下载相关基因的eQTL数据，可以直接到https://www.gtexportal.org/home/网站上下载，这个网站的数据比较全

2、相关基因的eQTL数据批量转换为可以用的孟德尔随机化格式数据（有具体的SNP名字、基因名字的数据）

3、选合适的组织样本，提取目标基因的eQTL数据，可以提取单个基因的数据，也可以进行批量提取多个基因的数据

4、目标基因的eQTL数据的过滤、剔除连锁不平衡、孟德尔随机化分析，可以单个基因进行操作，也可以批量多个基因进行分析操作

最后发现目标基因孟德尔随机化分析结果符合预期结果：OR值大于1，对应的P值有统计学意义，不存在多效性等等这些，结果跟之前的生信分析、实验结果一致，让自己的研究结果更上一层楼。

本文只分享思路，剩下的细节问题需要自己去摸索，感兴趣的同学可以自己摸索一下，需要一定的编程能力，同时也需要比较强悍的电脑，最好有大型服务器。